Sau cuộc Minh Trị Duy Tân, những người có quan hệ với hai phiên Satsuma và Chōshū đã nắm lấy thực quyền chính trị trung ương đều ra sức công kích những thế lực cũ từng đối địch với họ, trong đó có cả Shinsengumi, do chịu ảnh hưởng bởi tư tưởng Hoàng quốc sử quan (lấy Thiên Hoàng làm trung tâm, ai nằm ngoài thì bị coi là phản tặc), phong trào phủ nhận và bài bác Shinsengumi dâng cao trong giới hải quân. Hậu quả khiến cho những nghiên cứu mang tính lịch sử về Shinsengumi đều bị trì hoãn trong thời gian dài. Điển hình như trong cuốn tiểu thuyết Yên ngựa chó trời (Kurama Tengu) do nhà văn Osaragi Jirō công bố vào thời Taishō, thì Shinsengumi được ông miêu tả như những nhân vật phản diện. Tuy nhiên, Shinsengumi lại được đông đảo người hâm mộ nhất định thuộc tầng lớp thứ dân thường chịu ảnh hưởng từ các câu chuyện kể lịch sử (kōdan). Ngoài ra, Kondō Isami trong tác phẩm Yên ngựa chó trời lại được tác giả miêu tả như một tay hào kiệt đầy khí phách và là người có nhân cách khác biệt hẳn so với những thành viên khác.

Hai tác phẩm Tân Tuyển tổ thủy mạt ký (Shinsengumi shimatsuki) của Shimozawa Kan và Tân Tuyển tổ sử lục (Shinsengumi shiroku) của Michio Hirao được xuất bản vào năm Shōwa thứ 3 (1928). Bắt đầu khởi xướng lại việc đánh giá chuẩn xác và tích cực về Shinsengumi. Vào năm Shōwa thứ 8 (1933), nhằm đối phó với các cuộc khủng bố tiếp theo trong nước, Sở Cảnh sát Nhật Bản đã cho thiết lập Đội Bảo vệ An ninh Đặc biệt (nay là Đội Cảnh sát Cơ động thuộc Sở Cảnh sát Nhật Bản), nhằm kêu gọi sự thân mật và tin cậy từ tầng lớp thị dân. Bên cạnh đó, Không quân Đế quốc Nhật Bản còn ra lệnh thành lập Phi đội Chiến đấu Lục quân là Phi đội bay 47 với mục đích phòng không trong chiến tranh Thái Bình Dương, thường gọi là Shinsengumi trên không. Ngoài ra, đến cuối thời đại chiến, Hải quân Đế quốc Nhật Bản còn thành lập Phi đội chiến đấu 301 trực thuộc Phi hành đoàn Hải quân 343 cũng được giới quân nhân quen gọi là Shinsengumi.

Sau Chiến tranh thế giới thứ hai, Shinsengumi được sử dụng làm nhân vật chính trong nhiều bộ phim truyền hình lẫn điện ảnh, tên những thành viên của đội còn được đưa vào trong như các bản tin thời sự ngắn. Những năm gần đây, cả game và anime đều sử dụng mô típ từ Shinsengumi, đồng thời cũng phát sinh nhiều tác phẩm parody có liên quan đến Shinsengumi, rất được các thế hệ người hâm mộ yêu thích sâu rộng ở Nhật Bản.